資金來源不同：民營醫院的資金來自于投資方，公立醫院則為國家或地方有關部門。
管理體制不同：民營醫院實行企業化管理，上至院長、下至員工均為聘用合同制，從管理體制上確保人員配置合理化、潛能發揮最大化、社會效益最佳化。
經營方式不同：民營醫院可根據病人需求和醫療市場的變化，及時調整服務項目和服務價格，讓病人得到更好的服務和更多的實惠。
民營醫院的發展
到目前為止，中國已經有近1500所民營醫院。上個世紀80年代，民營醫院已經在中國醫療行業中出現。但中國民營醫院真正大規模的發展，是在2001年以后。
由于中國對醫院實行國有管理，公立醫院由當地衛生部門直接管理，而民營醫院的建立必須經當地衛生部門批準。雖然政策沒有限制民營醫院的建立，但衛生部門出于對公立醫院的保護，在審批時對民營醫院卡得很嚴，民營醫院在這樣的環境下，很難得到發展。2001年9月中國開放醫療市場，鼓勵發展民營醫療機構，民營醫院開始在社會上大量出現。
“民營醫院的出現，對于患者來說，結束了過去只能去公立醫院看病的單一服務模式，有了更多的選擇余地，能滿足不同的需求。對國家來說，減少了國家對醫療衛生投入的負擔。”李淑賢說。
2003年，民營醫院的發展進入了最好的時期，由于公立醫院資金投入不足，地方政府將醫療資金的投入來源盯向了民間資本。許多地方政府改革衛生醫療體制，允許公立醫院通過委托經營、股份合作、股份制等形式，或整體出讓的辦法，引進社會資本，并對民營醫院實行3年免稅制度。
這一措施，使得大量民間資本投入到了醫療行業--中國空調企業奧克斯集團投資5億元、占地15.7公頃的明州醫院正在建設中；浙江東南網架集團有限公司投入3.4億元收購浙江蕭山婦幼保健院后成立了蕭山醫院；金陵藥業股份有限公司出資7466余萬元正式收購江蘇省宿遷市人民醫院，控股比例占到了70%……
民營醫院發展前景看好：
今后的醫改方向應在堅持“一個結合、三個分離、三個聯動”,即市場方式和政府方式結合以解決醫療衛生資源的配置問題；將公益性和盈利性醫療機構徹底分離、醫藥分離、管辦分離；同時將醫療改革、醫藥改革、醫保改革進行整體設計、互相推動。
在部分官員和業界專家的探索中，將公益性醫院和盈利性進行嚴格區分被認為是醫改的前提和基礎。因為，雖然目前國內90%以上的醫院都是公立醫院，只有10%左右是民營醫院，但所有醫院都在追求利潤，它的公益性沒有辦法體現出來，醫療服務的普遍性也無法實現。這是醫改中最受詬病的地方。
“民營醫院的發展有很大的市場空間。”李淑賢說，由于中國人口多，中國的醫療市場在全世界是最大的。因疾病、保健醫療、美容醫療等支出的費用，雖然沒有具體的統計數目，但估計每年大概要超過萬億元人民幣。
這么大的市場，民營醫院目前只占不到3%.據國家衛生統計信息中心統計，2003年，全國民營醫療機構的診療人次數占醫療機構總診療人次數的2.7%,入院人數占全國醫療機構入院人數的2.5%,而公立醫療機構的診療人次數和入院人數分別占到了97.0%和92.3%.
“與民營醫院靈活的運行機制相比，公立醫院缺乏一個靈活、具有競爭力和生命力的運行機制，其對人才的種種僵化管理表露出明顯的劣勢。”李淑賢說，“民營醫院一但形成規模發展，將會從公立醫院手中奪取更多的市場。”
民營醫院的誕生和逐步發展對公立醫院產生了強烈的沖擊。20年前，廣州益壽醫院成立的時候，公立醫院與民營醫院之間并沒感覺出競爭的火藥味。而現在，廣州益壽醫院已經成了廣州市公立醫院的主要競爭對象。
對公立醫院來說，最大的沖擊來自人才的流失，許多民營醫院，由于還沒有形成自己的人才隊伍，為了提高醫療質量，采取“高薪取才”的方法，大量挖掘公立醫院的高級醫療人才。
2003年，在浙江省，甚至出現了一個醫院的主任醫師大部分都被挖走的情況。
失去了人才，許多公立醫院的患者開始流失，效益下滑。據李淑賢副會長介紹，2003年，有20%的公立醫院靠國家財政勉強度日，到了2004年前半年這一數目增加到了40%.
為了生存，許多公立醫院開始了體制改革，有的公立醫院最后被民營資本收購。
往以后醫改看政府將對公立醫院進行改革，分為盈利和非盈利醫院，非盈利醫院將逐步市場化，以減輕國家財政壓力，所以區別將逐漸模糊，中國人口眾多，國家又對醫療投入相對較少，這就需要放寬政策，吸引民營資金進入，同時將公立私立一同對待以提高整個社會的醫療服務水平。
財政來源、人員結構、行政方式、醫療環境等等有很大不同。但私立未必不好，香港和臺灣的私立醫院就很火爆。
